Đá Cô Lin nằm cách đảo Sinh Tồn 8,1 hải lý (15 km) về phía tây nam, cách đá Gạc Ma khoảng 3,9 hải lý (7,2 km) về phía tây bắc và cách đá Len Đao 7 hải lý (13 km) về phía tây. Bản chất là một rạn san hô hình tam giác có cạnh hơi cong, có chiều dài mỗi cạnh khoảng 1 hải lý. Đá này ngập chìm dưới nước khi thủy triều lên và chỉ có vài hòn đá nổi lên khi thủy triều xuống thấp.[2] Bản đồ hành chính[3] đều thể hiện danh từ riêng là Cô Lin còn danh từ chung để mô tả thực thể là đá. Về bản chất địa lý, đá Cô Lin không phải là một đảo mà là rạn san hô.

Nơi đây có tổ hợp kiến trúc "Đảo Cô Lin" gồm một nhà lâu là điểm đóng quân và nhà đa năng cách nhau 65 m. Tọa độ địa lí ghi trên bia chủ quyền Đảo Cô Lin là 9°46′25″B 114°15′19″Đ / 9,77361°B 114,25528°Đ / 9.77361; 114.25528.